(1)部分企業(yè)需進(jìn)一步淘汰落后產(chǎn)能
　　我國檸檬酸行業(yè)經(jīng)過幾年的發(fā)展，生產(chǎn)水平有了很大的提升，但部分企業(yè)生產(chǎn)規(guī)模較小，技術(shù)、裝備水平均相對落后，生產(chǎn)過程產(chǎn)污量污染物治理效果差，且環(huán)保與節(jié)能減排意識不強(qiáng)，影響污染物穩(wěn)定達(dá)標(biāo)排放。有些企業(yè)在工程設(shè)計(jì)的時(shí)候，沒有充分考慮節(jié)能降耗和污染治理問題，廠房、水、電、汽、熱等系統(tǒng)設(shè)計(jì)不規(guī)范，增大了節(jié)能減排的難度；一些企業(yè)污染治理設(shè)施老化，排水不能做到長期穩(wěn)定達(dá)標(biāo)；一些企業(yè)基礎(chǔ)計(jì)量設(shè)施和專業(yè)人員配備不完善，未實(shí)現(xiàn)三級計(jì)量，配備的環(huán)保人員也缺乏應(yīng)有的培訓(xùn)和管理，導(dǎo)致環(huán)保設(shè)施運(yùn)行較差。
　　(2)提取技術(shù)與國際先進(jìn)水平存在差距
　　我國檸檬酸行業(yè)在菌種、發(fā)酵技術(shù)、污水處理及廢棄物綜合利用技術(shù)等方面已處于國際先進(jìn)地位，但在提取技術(shù)上與國際先進(jìn)水平相比還存在一定差距，如國內(nèi)分離提取工藝大部分采用鈣鹽法，產(chǎn)污強(qiáng)度高，而國外則采用色譜分離提取工藝，有效成分損失少，能耗較低。目前我國色譜分離技術(shù)中的部分核心技術(shù)來源于國外，成本相對較高，這也成為制約推廣的主要因素。
　　(3)資源利用深度不夠，產(chǎn)品附加值較低
　　在檸檬酸生產(chǎn)過程中其資源綜合利用深度不夠，產(chǎn)業(yè)鏈較短，產(chǎn)品附加值較低。目前一些發(fā)達(dá)國家原料利用率已達(dá)到99％，而我國平均水平在95％。大部分檸檬酸生產(chǎn)企業(yè)都是以玉米為原料進(jìn)行發(fā)酵生產(chǎn)的，原料中30％的非淀粉副產(chǎn)物全部加工成飼料出售，深度加工不高。
　　(4)固體廢棄物未能完全綜合利用
    因國內(nèi)檸檬酸分離提純工藝大都采用鈣鹽沉淀法，在檸檬酸生產(chǎn)過程中要消耗大量的硫酸和碳酸鈣，產(chǎn)生大量廢水、固體硫酸鈣廢渣。在污水治理方面，目前國內(nèi)絕大部分檸檬酸生產(chǎn)企業(yè)均已投資建設(shè)污染治理設(shè)施，使廢水能夠達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)要求。但在檸檬酸生產(chǎn)過程中還產(chǎn)生了大量硫酸鈣廢渣，行業(yè)內(nèi)少部分企業(yè)對硫酸鈣不能做到完全綜合使用，只能長期堆放或填埋，對環(huán)境造成一定危害。
　　(5)低端產(chǎn)品占主導(dǎo)，高檔產(chǎn)品開發(fā)不夠
　　我國檸檬酸產(chǎn)品主要以低端產(chǎn)品占主導(dǎo)，高檔產(chǎn)品開發(fā)不夠，導(dǎo)致國內(nèi)檸檬酸價(jià)格偏低。面對日趨激烈的市場競爭，生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)加大技術(shù)投入，向下游開發(fā)高檔次產(chǎn)品。如無水檸檬酸具有不結(jié)塊、利于運(yùn)輸、貯存和使用等特點(diǎn)，國外近年來對無水檸檬酸需求增長迅速，是檸檬酸產(chǎn)品的發(fā)展方向之一。此外，我國檸檬酸深加工產(chǎn)品品種少，不及國外的一半。目前美國藥典已經(jīng)收錄的檸檬酸下游產(chǎn)品有檸檬酸鈣、檸檬酸鐵、檸檬酸氫二胺、檸檬酸鐵銨、檸檬酸鋅等。這些產(chǎn)品在國內(nèi)的生產(chǎn)和應(yīng)用已經(jīng)起步，我國企業(yè)應(yīng)借此契機(jī)向精細(xì)化、多元化、系列化方向發(fā)展。
　　(6)產(chǎn)品依賴出口
　　檸檬酸產(chǎn)能的快速擴(kuò)張加劇了市場競爭，也加快了市場整合，生產(chǎn)迅速向大企業(yè)集中。我國最多時(shí)有上百家企業(yè)生產(chǎn)檸檬酸，平均產(chǎn)能僅為幾千噸。現(xiàn)在生產(chǎn)企業(yè)為20余家，然而這種產(chǎn)能快速發(fā)展對企業(yè)和市場都產(chǎn)生影響。首先是嚴(yán)重依賴出口，2002年，我國檸檬酸出口達(dá)28萬t，出口量占產(chǎn)量比例為72％，2006年出口量57．1萬t，出口比例為79．3％，2010年出口85．1萬t，出口比例為86．8％，出口比例逐漸增大。近年來，能源、化工原料、糧食等價(jià)格大幅上漲，人工、環(huán)保等費(fèi)用也有較大上升，但由于檸檬酸市場競爭過度，出口價(jià)格上升幅度遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及成本上升幅度，給企業(yè)經(jīng)營造成很大困難。